此后，随着时局的变幻，学校更是经历多次合并与搬迁。1928年，陆军军医学校将天津海军军医学校合并（李鸿章于1881年在天津创办天津医学馆，1893年更名北洋医学堂，1915年改称天津海军军医学校）。1928年8月，国民政府派人接管陆军军医学校，并改称军政部陆军军医学校。当时因经费困难，医、药各科不能满额招生。

1933年5月陆军军医学校奉令南迁到南京，陆军军医学校附属医院留在北平。

1935年8月学校更名为中央军医学校，校长由蒋介石兼任。1937年军医学校迁往广州，校长仍由蒋介石兼任，张建为教育长，实际校务由张建负责。1938年日军于惠州登陆，军医学校迁往广西。1939年全校迁往贵州安顺。

抗战胜利后，中央军医学校在上海江湾复校。1947年6月1日更名为国防医学院。1949年2月至5月，该校分批迁往台湾，而上海江湾遗留下来的校舍演变为中国人民解放军第二军医大学，2017年更名为中国人民解放军海军军医大学。

值得一提的是，陆军军医学校附属医院后来几经变迁，如今仍然发挥着作用。在第一次世界大战期间，北洋政府指定陆军军医学校附属医院作为收治德奥战俘的专门医院，这也是第一次世界大战中东方战场唯一的一所“战俘医院”。

中国人民解放军第七医学中心院内的老建筑，或为民国时陆军军医学校附属医院的建筑。

宋哲元主政华北时期，陆军军医学校附属医院被改为二十九路军后方医院。1937年北平沦陷后，日军占领陆军军医学校附属医院，改为日本陆军第一百五十一兵站医院。抗战胜利后国民政府收回医院，命名为北平陆军医院。

1949年北平和平解放，中国人民解放军接管医院，如今为中国人民解放军第七医学中心。

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